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避免任何微生物污染及其內毒素釋放的有效而安全的方法是在生產和運輸過程中保持絕對的無菌。如果采用某種去污染措施，必須保證得到足夠的終產物。Anspach等積累多年的經驗總結出，從含蛋白質溶液和不含蛋白質的溶液中去除內毒素是有很大區別的。對于不含蛋白質的溶液，可采用那些利用內毒素與水、鹽和其他一些小分子物質的分子大小不同來去除內毒素的方法。下面介紹選擇性清除內毒素的方法之超濾法。

凝膠過濾色譜法能從無蛋白質的溶液中去除80%以上的內毒素活性。

超濾類似于血透，是用一種相對分子質量大約為10000的膜，通常所用的水是超純水，整個操作系統使用的儀器均為沒有內毒素污染的無菌設備。另外，在這種條件下內毒素主要以聚集物的形式存在，所以更加安全可靠。但是需要注意的是，雖然這是一個緩慢的過程，然在溫度較高（～100℃）或酸性環境下（pH3.5～4.5）時，部分內毒素分子被分解，從而使內毒素分子的實際毒性部分脂質A（相對分子質量2000~4000）大量釋放出來，給內毒素的去除帶來麻煩。

超濾法也可將內毒素從相對分子質量小的產物溶液中去除，如葡萄糖、鹽、許多化學物和不能透過射線的物質以及大多數抗生素等。相對分子質量為10000的膜也可用于此，產物通過膜彌散的同時內毒素卻被膜扣留。為了使蛋白質產物也能順利彌散出來，膜的孔徑必須大于相對分子質量100000的蛋白質的直徑。在蛋白質存在的情況下，內毒素聚合物分離而成為較小的單體，正如在EDTA或膽酸存在的情況下一樣，內毒素單體和蛋白質在大小上相接近，兩者均能通過超濾膜。

1998年，Li和Luo找到了一個提高蛋白質分離度的方法，他們在含85mmol/L血紅蛋白和5mol/ml內毒素的溶液中加入45mmol/L的Ca2+以改變內毒素溶液的結構，使之成為大的聚合體從而減少內毒素量至6ng/L。用相對分子質量為300000的超濾膜可以使血紅蛋白透過。但是這種方法對于那些溶解度受高Ca2+濃度影響小的蛋白質來說，使用價值有限。